Автономку Вебасто всегда и на всех своих машинах ставил в разрыв между движком и печкой, и ничего никакими какахами не забивалось.
Если в блоке цилиндров мусор, то при циркуляции от основного водяного насоса все равно печка забьется. Плюсом такой установки автономного отопителя является приоритет подогрева на выбор -движок (обдув салонной печки откл.) или салон (обдув вкл.).